森林、草地、湿地、海洋等自然生态系统具有合成有机物、涵养水源、保持土壤、调节气候、固碳释氧、净化环境、传粉、保护野生动植物等多种功能，不仅创造和维持了地球生命支持系统和人类赖以生存与发展的自然环境条件，还为人类提供了生活与生产所必需的食品、医药、木材等工农业生产的原材料。科学家将人类从生态系统获得的利益(benefits)称为生态系统服务。保护生态系统，就是为了让生态系统能够持续稳定地提供生态产品与服务。生态保护补偿是对为保护生态系统作出贡献的地区或个人给予经济补偿的行为，其实质是政府为保证生态系统产品与服务的持续供给而进行的生态资本投资。国务院办公厅印发的《关于健全生态保护补偿机制的意见》强调，要加强生态保护补偿效益评估，深化生态保护补偿理论和生态服务价值等课题研究，目的是通过效益评估让人们了解生态保护补偿投入是否实现了生态资本增值、是否提高了生态系统产品和服务的提供能力，以及受补偿地区的社会发展水平和居民的生活水平是否得到改善。

生态保护补偿效益评估的核心是生态效益的核算，评估生态保护补偿实施后，受补偿地区的生态资产、生态产品和生态服务的变化趋势。生态资本包括森林、湿地、草地、荒漠、海洋，以及农田和城市绿地等可以提供生态产品和服务的生态系统和野生动植物资源。生态产品是指生态系统提供的可为人类直接利用的物质资源，如食物、木材、纤维、淡水资源、遗传物质等。生态系统服务包括调节气候、涵养水源、保持土壤、调蓄洪水、降解污染物、固碳释氧、传粉、有害生物控制、减轻自然灾害等调节服务，以及源于生态系统组分和过程的文学艺术灵感、知识、教育和景观美学等文化服务。

生态补偿效益评估包括生态资产核算和生态系统生态总值(Gross Ecosystem Product，简称为GEP)核算。生态资产核算就是对受补偿地区的森林、草地、湿地等自然生态系统面积和质量开展评估，了解各类生态资产存量及其变化趋势。生态系统生产总值核算就是分析与评价受补偿地区的生态产品和生态服务的功能量和经济价值的变化趋势。生态资本与生态系统生产总值核算可以用来认识和了解生态系统自身的状况以及变化，衡量国家或地区的生态保护成效，还可以与GDP核算结合评估生态文明建设进展。生态系统生产总值是生态系统产品价值、调节服务价值和文化服务价值之和。如果某个受补偿地区的生态系统生产总值提高，表明该地区提供的生态产品和生态服务量增加，生态保护补偿取得成效，反之，若该地区生态系统生产总值下降，表明该地区提供的生态产品和生态服务量减少，生态保护补偿没有得到应有的回报。

近年来，生态系统服务评估取得长足进展，越来越多的生态系统服务类型为人们所认识，生态系统服务功能量的评价方法也在不断发展成熟，为核算生态资产与生态系统生产总值奠定了基础。同时，现行的国民经济核算体系可以为生态资产、生态产品和生态服务的核算提供较全面的数据，环境监测、水文监测、草地监测、森林资源清查和湿地调查体系可以为生态系统调节服务功能的核算提供数据和参数，已基本具备开展国家或地区尺度的生态系统生产总值核算的技术基础。

由于生态资产与生态系统生产总值核算的理论和方法还在发展之中，为了建立生态保护补偿效益核算机制，还需要开展如下几方面的工作：一是建立规范的生态资产与生态系统生产总值核算框架与指标体系，以及标准化的核算方法。由于生态系统产品与服务功能类型多，不同地区差异大，这个框架应能满足不同地区的评价需要。二是加强生态系统、生态产品与服务监测评估和技术研究，重点建设调节服务功能的监测体系，为生态资产和生态系统生产总值核算提供基础数据。三是要进一步开展调节服务价格确定方法研究，完善调节服务和文化服务的定价方法。四是以生态系统生产总值核算为基础，开展生态保护补偿效益评估试点，在取得试点经验后，逐步在全国实施。